主要爭議

機率問題

地球生物組織中的蛋白質具有高度的選擇性，只使用了已發現胺基酸的不到五分之一，而這些胺基酸種類又是經過嚴格篩選出來的。按照隨機產生的機率計算，即使生成一個很簡單的具有生物活性的蛋白質，也許要遠遠大於可能性的次數才能隨機產生，其自然機率也是小到幾乎不可能出現。然而自然選擇不是一個隨機的過程，否則就不稱其為選擇了，因此這類質疑現在已經不成為主要爭議。


原始大氣成分

上述描述論及原始大氣時，提到是一個缺氧的環境。但這樣地球就沒有臭氧層的保護。在強烈的紫外線照射下，DNA，RNA及蛋白質難以存在。假如有氧氣存在，其強烈的氧化能力也會破壞蛋白質等有機分子。所以在海中才有機會生成生命的複雜物質。


蛋白質和遺傳物質的矛盾關係

上述解釋在產生DNA/RNA遺傳物質的時候只是一筆帶過。然而在分子生物學研究發現，蛋白質和遺傳物質存在嚴重的依賴關係。沒有蛋白質的參與無法完成DNA/RNA的複製和組合，沒有DNA/RNA攜帶的資訊，蛋白質也就無從產生。這讓科學家陷入了「先有雞還是先有蛋」的螺旋。 《新不列顛百科全書》[2]說：「惟獨這兩種分子共同發揮作用，生物才可能在地上生存。」可是這套百科全書指出，這兩種分子怎麼會彼此緊密合作，「在生命起源方面」仍然「是個關鍵性的啞謎」。而目前解釋此一矛盾的理論，較為人所知的是「RNA世界學說」，透過具備兩種特性的RNA可以構成簡單的生命形式，才進一步延伸。


資料來源
https://zh.wikipedia.org/wiki/%E7%94%9F%E5%91%BD%E8%B5%B7%E6%BA%90